海底地形測量和海道測量測得的海底地貌是有區別的，這是因為海底地形測量測得的數據用于編制海底地形圖，而海道測量測得的數據用于編制航海圖。海底地形圖和航海圖是兩種性質完全不同的海圖。

海底地形圖表示海洋區域詳細的各種要素，尤其是地形起伏要表示得真實、細致，使其可用于海洋研究、海洋工程建設和海洋開發利用的各個方面。航海圖是一種用于保證航海安全的專用海圖，對航海安全影響較大的淺海區、地形復雜區、正地貌等的測量比較詳細、準確；而對航行比較安全的深海域、地形平坦海區、負地貌等的測量和表示較忽略。海底地形圖上應表示任何海區的微地貌形態；而航海圖上對微地貌的表示不太重視。在制圖綜合時，航海圖對淺水區略作擴大表示，而對深水區，尤其是孤立的小凹坑常常舍去不表示。因而在研究海底地形、進行海洋工程建設的海洋活動時，應使用海底地形圖，而不應用航海圖。